Fundacja rodzinna posiada obowiązkowy organ, którym jest zarząd. Zasady organizacji tego organu przypominają zasady zastrzeżone dla zarządu w spółkach kapitałowych. Istnieje wiele podobieństw, część regulacji jest analogiczna do tych z kodeksu spółek handlowych. Od strony praktycznej oznacza to, że stosując przepisy ustawy o fundacji rodzinnej zasięgać będziemy do praktyki ugruntowanej na bazie stosowania przepisów o spółkach. Jednakże należy pamiętać o podstawowej różnicy pomiędzy tymi dwoma typami zarządów, a mianowicie naturze fundacji rodzinnej.
Do zadań zarządu fundacji rodzinnej należy:
Do kluczowego zadania zarządu należy również aktualizacja spisu mienia. Spis mienia ma bowiem znaczenie m.in. przy realizacji świadczeń na rzecz beneficjentów, czy podziale majątku likwidacyjnego.
Zasady powołania i odwoływania zarządu a także uprawnienia członków zarządu regulować będzie, poza ustawą, statut.
Zarząd może składać się z jednego lub większej liczby członków. Członkiem zarządu będzie mogła być osoba fizyczna posiadająca pełną zdolność do czynności prawnych. Funkcję swoją będzie mogła pełnić za wynagrodzeniem. Ustawa zastrzega kadencyjność zarządu.